У освиту српске државе

Крајем XII века, престоница српске државе била је Топлица. Ниш је у то време био под управом византијског цара Манојла Комнина (1145- 1180). Искористивши непогодне политичке прилике у Византији након смрти цара Манојла Комнина 1180, Стефан Немања уз помоћ Угара освојио је, по речима Стефана Првовенчаног и „славни град Ниш“. Већ 1183. године Ниш је у саставу нове српске државе. Овде је, по сведочењу Стефана Првовенчаног, Стефан Немања подигао Цркву светог Пантелејмона коју је даривао онолико колико и све велике светиње широм тадашњег света: „Почев од Велике Цркве Господње у Јерусалиму и Светога Јована Претече, и у Риму Цркви светих и свеславних врховних апостола Петра и Павла и светога Теодосија у Пустињи, и светога архијереја и светитеља Николаја и чудотворца у Великом Бару и Преславне и увек Дјеве Богородице у Евергетиди у Константинову граду, и светога архистратига Михаила у граду званом Скопљу, којему и храм подиже у месту том, и светог великог мученика Христовог Димитрија у граду Солунском, и светога и великог мученика Пантелејмона у граду Нишу, и којему и храм сазида ту.“

Након пораза у бици на Морави 1190. године са Исаком Ангелом, Стефан Немања био је принуђен да Византији поврати све заузете области, међу којима је био и Ниш. Искористивши сукоб Стефана Немање и Исака Ангела, бугарски цар Кало – Јован успео је да прошири границе своје државе на рачун Византије. Ово није одговарало Угарима, који су на челу са угарским краљем Имром напали Кало – Јована и отели Ниш. Одмах по преузимању Ниша, он је враћен српском краљу Вукану Немањићу. Ипак, град Ниш је поново успео да преузме бугарски цар Кало – Јован 1204. године. У то време катедру нишког епископа заузимао је Дионисије, по народности Грк, који је смењен да би се на то место поставио Бугарин Кирик. Кало – Јован обновио је Трновску патријаршију 1204. године у коју је ушла и нишка епископија. Овако ће бити до 1219. године и оснивања аутокефалне српске Цркве.