Под управом Епископа фанариота и бугарске егзархије

Одлазак митрополита нишког и белоцркванског Георгија Поповића са патријархом Арсенијем IV Јовановићем 1737. године у епархији нишкој оставља нередовно стање. Георгије Поповић доцније ће постати епископ темишварски, а ко је њега наследио на катедри нишких митрополита можемо само да нагађамо. У Нишу је новембра 1761. године у епископском двору одржан Сабор српских епископа који су остали на својим дијацезама које су припадале пећкој патријаршији. Као представник нишке митрополије јавља се извесни „архимандрит Глигорије од Кастриотов“, који је највероватније администрирао нишком митрополијом. Са овог сабора, сви епископи шаљу писмо карловачком митрополиту Павлу Ненадовићу у коме га моле да им помогне да среде немире у Цркви, који су настали услед сукоба са пећким патријарсима Грцима. Овај документ сведочи да је Ниш у ово време био центар црквеног живота Срба под Турцима.

Као нишки и белоцрквански митрополити помињу се у овом периоду Гаврило II око 1766. године и Макарије за кога знамо само да је био нишки митрополит у XVIII веку. О нишким митрополитима из XIX века имамо доста података. Трон нишких митрополита заузимао је у периоду од 1812. до 1814. године митрополит Макарије. Њега је наследио митрополит Мелетије Мученик, обешен 1821. године. За разлику од многих епископа фанариота некадашње пећке патријаршије, нишки митрополити радили су у корист српског народа и успели су да опстану и остану у Нишу упркос страдањима, гоњењима и притисцима турске власти скоро два века. Њихово столовање у Нишу прекинуће Бугари, који су седамдесетих година XIX века самовласно прогласили бугарску Егзархију и почели постављати на столице епархија некадашње пећке патријаршије Бугаре. За нишког митрополита постављен је Виктор Чолаковић Хиландарац, који ће на трону нишких митрополита дочекати ослобођење Ниша 1877. године.