У Жичкој Архиепископији и Пећкој Патријаршији

Када је Црква у Србији добила статус архиепископије, а свети Сава постао први архиепископ српски, не можемо знати шта бива са нишком епархијом. Према неким мишљењима, охридска архиепископија је тада изгубила неколико епархија међу којима је била и нишка. Свети Сава основао је белоцркванску, односно Топличку епископију са седиштем у манастиру светог Николе, задужбини Стефана Немање. Територија топличке епископије се простирала на југоистоку преко Јужне Мораве обухватајући леву обалу Нишаве. Први епископ ове епархије био је Јоаникије. У XIII веку на једном месту стоји да је краљ Милутин основао нишку митрополију, али о овоме ништа ближе не можемо знати. 1386. године Турци су ударили на Ниш, спалили Цркве светог Прокопија и светог Пантелејмона и тада су мошти овог угодника Божијег пренете у оближњи град који је по њему касније добио име – Прокупље. Након неколико борби између српске и турске војске, Ниш је напокон пао у турске руке 1427, да би већ следеће 1428. био до темеља порушен. Тада заједно са пећком патријаршијом престаје привремено да постоји и нишка епархија.

Тек у XVI веку имамо помен нишког епископа Матеја (око 1528. године), учесника сабора у Охриду, који се бавио питањем смедеревског митрополита Павла који је желео да обнови пећку патријаршију. Знамо да је у периоду од 1570. до 1587. године и трон митрополита нишких заузимао Макарије. 1592. године помиње се нишки и лесковачки митрополит Јефтимије. Мало више података имамо из периода пре укидања пећке патријаршије 1766. године. Реч је митрополиту нишком и белоцркванском Јоаникију, који је подигао Цркву светог Николаја у Нишу и обновио Цркву светог Прокопија у Прокупљу. Последњи нишки епископ послат у Ниш из Пећи био је нишки и белоцрквански митрополит Георгије Поповић. 1766. године пећка патријаршија је укинута а на столице њених епископија бивају постављани фанариоти.