Трећи период III (1346—1766)
Када је на Цвети 1346. Српска архиепископија у Скопљу уздигнута на степен патријаршије, — Призренска епископија подигнута је на степен митрополије, док је њен епископ добио титулу митрополита. У састав Призренске митрополије ушла је и Доњополошка епископија.
О призренским митрополитима који су управљали у овом веома бурном и судбоносном периоду Српског народа — знамо сасвим мало. Ко је био први митрополит? Затим, ко је био митрополит призренски у време када је цар Душан одузео Призренској митрополији „горњи град“, да би га предао манастиру Св. Арханђела? Даље, ко је био призренски митрополит 1375., када је у Призрену било скидање анатеме? — Не знамо, на жалост, не само за њихова имена, него ни за имена каснијих митрополита. По имену познати су нам следећи митрополити: Венијамин; о ком знамо само за годину смрти, и то захваљујући једном запису „који је зарезан у стубац цркве“ (Богородице Љевишке). Ту се каже да је 1433. умро митр. Венијамин.
На истом ступцу „изнад наведеног постоји још један запис“где се каже да је 27. децембра 1454. год. умро митрополит Михајло. Поред године смрти о митрополиту Михајлу знамо да га је деспот Ђурађ Бранковић слао у Рогос ради преноса моштију св. Луке у Смедерево.
После смрти патријарха Арсенија II (1463) настаје веома тешко стање у Српској цркви које наступи услед губитка слободе падом деспотовине 1459. године. Српска црква је после смрти патр. Арсенија II потпала под управу Охридске архиепископије. Ко су били митрополити после присаједињавања Охриду — мало знамо.
Митрололит Нифонт, помиње се 1528. и 1532. године. Дакле, управљао је Призренском митрополијом у време смедеревског митрополита Павла, који је баш „1528. године отпочео борбу за отцепљење Српске патријаршије од Охридске архиепископије.
Митрополит Ншканор, помиње се 1530. године.
1532. г., 13. марта, одржан је сабор у Охриду на коме је осуђен и искључен смедеревски митрополит Павле, заједно са епископима: лесновским, кратовским и зворничким. Ако се узме да су уз митрополита Павла пристали Срби епископи, с правом би требало очекивати да и призренски митрополит буде искључен. С обзиром да се митрополит призренски Нифонт не помиње међу искљученима — може се допустити претпоставка да је он био Грк!
Митрополит Методије, помиње се 1564, г., 1565, 1569, и 1570. године. Дакле, управљао је Призренскам митрополијом после обновљења Пећке патријаршије 1557., а за време патријарха Макарија Соколовића. Из времена његове управе сачуван нам је: „Божаставни свјати жртавник Господа Бога и Спаса нашего Иисоус Христа саписа се в љето 7072 / = 1564/ при митрополитом Методием в цркву свјатаго Стехвана при попом Николом в село Добродолане“, а имамо и податак: „сиа книга панагирик митрополие призренске и писа се сие в дни всеосвјешценаго кир Мефодиа в љето 7077 / = 1569/. В дни всеосвјешченаго архиепископа кир Макариа“.
Митрополит Михаило, помиње се 1586. и 1602. године, а о чему нам говоре записи: Приде поп Цветко от села Корише в богох’раними град Призрен, в љето 7094 / = 1586/ при ввсеосвешценном митрополите п’ризренском кир Михаеле, при патриар’ху Герасиму“ „ … Сиа книга бјеше била светопочившаго владике призренскаго митрополита кир Михаила ,.. .“
Митрополит Захарија“ — 1603. г., управљао је Призренском митрополијом за време патријарха Јована Кантула (1592— 1614).
Митрополит Ганадије — 1626. годнне. Управљао је Призренском митрополијом у време патријарха Пајсија Јањевца (1614—47).
Митрополит Михаил — 1649. г. Запис о њему каже: „Смирени митрополит Призренски Михаил“.
Митрополит Никодим (1670—1695). Кад је постављен за призренског митрополита — не знамо, али о њему се зна да је „године 1670., новембра 7., приспео у Кијев српски митрополит Никодим“. Из Кијева био је „пропуштен“ у Москву и добио основна средства за издржавање. Он је приликом свог доласка имао намеру да се стално настани у Русији, па кад му то није дозвољено — отишао је у Малорусију и „живео у Батурину четири године“,’ тј. од 1671—75. г. „Отуда се вратио у Призрен, али због великог гоњења од стране Турака није се могао одржати на престолу митрополије своје, већ га је предао патријарху српском (Арсенију III Црнојевићу. — Прим. Т.К.) а сам отишао у Свету Гору и живео осам година“, тј. до 1683. г. Из Свете Горе поново одлази у Батурин, где је остао све до 1695. г., када је отишао у Москву да тражи милостињу и „дозволу да може вечно живети у Којевопечерском манастиру“.Митрополит Никодим био је примљен 27. јануара исте године од стране царева Јована и Петра Алексијевића. И овом приликом митрополит призренски Никодим моли да му се дозволи да остане у Русији и да оконча свој живот у Кијевопечерској лаври, али не у кругу манастира, већ близу пештера св. Теодосија и храма Пресв. Богородице. Тамо је и умро. Од њега нам је остао један омофор са следећим натписом: ,,Сеи омофор устроен на служение милостију Божиеју преосвјашценому кир оцу Никодиму, митроп. прзрнскому, року от рождества Христава 1672.
Митрополит Исаија Димитријевић Туцак „1731 в лета в времја блажењејших и словесњејших господин господин патриарх Моисеи месеца ноевриа 10 приде в Призрен и постави митрополитом Исаија Димитриевича . . .“.
Митрополит Васцлије — 1756. године. Управљао је за време патријарха Гаврила III Николића (1752—58).
Ово су имена призренских митрополита за које знамо пре укидања Пећке патријаршије 1766. године.